От тях 41 са продали ДНК комплект или чрез онлайн покупка, или по телефона.

От тях 41 са продали ДНК комплект или чрез онлайн покупка, или по телефона.

Например, при пациенти с болест на Алцхаймер, 38% от алелите на ApoE са алел на риска ApoE4; честотата на този алел е само 14% при нормални контроли8. Съотношението на шансовете за алела на риска ApoE4 е 3,7 (коефициентът на експозиция в случаите, разделен на шансовете на експозиция в контролите е (0,38/0,62)/(0,14/0,86)). Колкото по-голямо е несъответствието в честотата между пациентите със заболяване и нормалните контроли, толкова по-високо е съотношението на шансовете, свързано с алела. Обратно, алелите, осигуряващи защита срещу заболяване, се наблюдават по-рядко при пациенти със заболяване и имат съотношение на шансовете по-малко от 1. Изданията между двете компании са напълно съгласни за всички индивиди. Обратно, за седем заболявания 50% или по-малко от прогнозите са съгласни между двете компании за отделните лица.

По принцип различните компании за DTC разглеждат публикуваната литература и избират кои маркери да включат в своите профили за оценка на риска, а различните компании избират различни набори от маркери. Вероятно всички те ще включват най-силните маркери, тези с най-високи или най-ниски коефициенти, показващи съответно силни или слаби асоциации, но когато попаднат в плевелите на маркери, които може да не са толкова силни, често компаниите избират различни прагове за обозначават значима асоциация. Честно казано, Ng et al установиха високо съответствие с риска от цьолиакия, тъй като има известни генетични асоциации с цьолиакия. Бих, разбира се, твърдя, че високият риск от цьолиакия не е причина да се избягва глутен, въпреки че е причина да се потърси лечение за цьолиакия, ако симптомите, съответстващи на нея, започнат да се появяват. Премахването на пшеницата от диетата на Деби, дори ако нейният тест GenoPalate й показа висок риск от цьолиакия, не беше необходимо и можеше да бъде потенциално вредно при липсата на клинично диагностицирана цьолиакия.

Тогава, разбира се, има много маркери, за които има голяма доза несигурност в съотношенията на шансовете:

Друго притеснение е използването на маркери, които имат несигурни оценки на коефициентите. Маркер за диабет тип 2, който Navigenics използва, има най-високото съотношение на шансовете сред всички маркери за диабет тип 2 на Navigenics, както се съобщава в литературата. Следователно той има най-голям принос за цялостното прогнозиране на заболяването. Въпреки това, Navigenics предупреждава, че ефектът на маркера е статистически незначителен и може да не допринася за заболяването. Малко вероятно е средният потребител да оцени значението или липсата на такъв резултат.

В крайна сметка Ng et al призова DTC компаниите да бъдат прозрачни за това кои маркери използват, както и за това кои изследвания използват, за да конструират моделите, които използват за изчисляване на риска и чертите. Храненето и различните състояния и метаболитни пътища, повлияни от него, не са прости моногенетични (един ген) черти, за които анализът на генотипа често може да осигури доста добри оценки на риска. Те са много сложни генетични черти и именно за сложните генетични черти анализът на SNP е най-податлив да бъде ненадежден предиктор.

Тези от вас, които са щракнали върху връзката, вероятно са забелязали, че статията на Ng et al е на повече от десет години. Проблемите му все още резонират. Нека да разгледаме по-скорошни доказателства, по-специално преглед от 2020 г. от Floris et al за хранителна геномика и компании за DTC.

Хранителна геномика: текущото състояние на индустрията

Както казах преди, има много от тези компании, като тяхното разпространение вероятно се дължи на рязко падащите разходи за секвениране на ДНК, анализ на SNP и генотипиране, но също така и на наличието на богатство от данни за човешки генетични вариации. Добавете към това проектът за човешкия геном, осъществен от Националните здравни институти и Министерството на енергетиката на САЩ, предостави на изследователите пълната последователност на човешкия геном, известна като „референтна геномна последователност“. От 2003 г. това позволява на изследователите да определят и изучават разликите в ДНК последователността между индивидите и какви могат да бъдат функционалните последици от тези различия. По-голямата част от тези генетични различия се наричат ​​„неутрални“, което означава, че те нямат забележими последствия или ефект върху здравето или риска от заболяване.

Във въведението Floris et al отбелязват проблемите с GWAS (алелите са различни копия на един и същ ген и добавих връзки към съответните обяснения за генетични термини, с които може да не сте запознати):

Необходими са големи размери на пробата, за да се оценят точно алелните честоти и следователно да се получи статистически стабилна находка. Когато голям брой генетични маркери са тествани в един и същ експеримент, резултатите трябва да бъдат коригирани за множество тестове; по-специално за GWAS, резултатите се считат за надеждни, когато асоциациите постигнат приет праг на статистическа значимост за целия геном, конвенционално представен чрез p-стойност < 5 × 10−8. Въпреки успеха на GWAS в идентифицирането на асоциациите вариант-черта и тяхното приложение към клиничния анализ, няколко ограничения трябва да се вземат предвид при интерпретирането на резултатите. Едно от най-важните ограничения е, че във всеки генетичен регион множество варианти могат да бъдат корелирани (те са в „неравновесие на връзката“): от една страна, това улеснява идентифицирането на асоциацията, но, от друга страна, затруднява за идентифициране на „причинния“ вариант(и), т.е. варианта, който е ефективно отговорен за сигнала. Това означава, че ефективният биологичен ефект е неизвестен. Също така, няколко проучвания показват, че не само честотите на алелите, но и биологичните ефекти могат да бъдат различни в популациите от различни предци: това предполага допълнително ниво на сложност при идентифицирането на основните биологични механизми, които могат да бъдат различни например при европейците по отношение на азиатците или африканци [14].

По-важно:

Когато чертите и заболяванията са силно наследствени (т.е. моногенни черти и разстройства, определени от един или няколко варианта), генетичното изследване ще бъде точно и много предсказуемо. За разлика от това, когато чертите и заболяванията са само частично повлияни от генетични фактори и наследствеността е ниска, прогнозната способност на тестовете, които разглеждат само един генетичен вариант, никога няма да бъде много точна [24,25]. Просто казано, в случай на сложни черти и заболявания, наличието на генетичен вариант не означава развитие на определен фенотип.

Сложността на тези концепции означава, че генеричният потребител няма инструментите, за да разбере истинността и надеждността на тези тестове, освен ако компаниите за генетично тестване директно към потребителя (DTC-GT) не декларират по прозрачен начин произхода на предикторите използвани и надеждността на техните съвети.

Дори и тогава, само учен, особено генетик или учен, специализиран в изследванията на GWAS, е вероятно да има база от знания, за да оцени надеждността на интерпретацията на даден генотип, направена от компанията DTC nutrigenomics. Нищо от това не попречи на индустрията да расте бързо. Всъщност, както отбелязват Floris et al, се изчислява, че DTC нутригеномичната индустрия ще нарасне до над 1 милиард долара тази година и ще достигне 6 милиарда долара до 2028 г.

Floris et al, използвайки различни стратегии за търсене, идентифицираха 45 компании, които предлагат DTC генетични тестове в нутригенетиката, с 19 компании в Северна Америка, 21 компании в Европа, а останалите са разпръснати в Азия, Австралия, Нова Зеландия, Централна Америка и Южна Африка . Четири от петте компании са мултинационални, с множество местоположения. От тях 41 са продали ДНК комплект или чрез онлайн покупка, или по телефона. Тези компании твърдят, че тестват за голямо разнообразие от черти, включително чувствителност към сол, алкохол, кофеин, сулфити и различни храни; липиден, въглехидратен и протеинов метаболизъм; метаболизъм на различни витамини; и подобни. Авторите също така откриха широки вариации в начина на отчитане на резултатите:

Докладите, предоставени от компаниите, са разнородни по отношение на съдържанието и представянето на резултатите. Повечето от примерните документи (82%) са представени като персонализирани отчети с име, фамилия и примерен идентификационен номер. Дванадесет компании (55%) предоставят информация за гени и SNP. Само четири компании цитират риск от GWAS и полигенен резултат. Като цяло резултатите първо са представени в обобщение на всички изследвани черти и на генетичните резултати (73%), последвани от раздели за черта по черта, където на потребителите се предоставя информация за анализирани черти (77%), имена на гени и варианти ( 82%) и графично представяне на генетичните резултати (59%), показващо дали генотипът е благоприятен или не, заедно с повишения, нисък, умерен или типичен риск. Генетичните резултати са ясно обяснени (82%) с едно или повече изречения, които обясняват значението, последвани от препоръки (86%). Само 10 компании предоставят библиография в подкрепа на докладваната информация. Единадесет компании заявяват изречение за отказ от отговорност, посочвайки, че предоставената информация не е за диагностична или клинична употреба, и предлагат да се консултирате със здравен специалист, преди да направите каквито и да е големи промени в диетата (Фигура 3).

Това последното нещо е това, което ние в бизнеса наричаме шарлатански предупреждение на Миранда, термин, първоначално въведен от бивш сътрудник на SBM, д-р Питър Липсън. По същество е избягване да заобиколите факта, че тестът не е одобрен от FDA и червен флаг, че резултатите от теста са с неизвестна или ниска валидност. Не е изненадващо, че примерният доклад на GenoPalate има точно такова изявление в края:

Хубаво. Защо тогава някой би искал да си прави труда да изпрати на GenoPalate до $229, за да накара компанията да проведе теста и да изпрати препоръки за храна и вероятно дори рецепти, уж лично „пригодени“ за вашия генетичен профил? По-важното е, защо това изявление не съвпада с толкова много от твърденията, направени на уебсайта?

DTC нутригеномика: Не е готов за праймтайм

Много ясно е, че хранителната геномика на DTC от типа тестове, продавани от GenoPalate и толкова много други компании, все още не е готова за най-добрия час, още по-малко да се използва като ръководство за извършване на големи промени в диетата си. Те не са напълно безполезни. Например, както отбелязват Floris et al, те могат да установят непоносимост към лактоза и чувствителност към кофеин, които са моногенни заболявания, свързани с храната, което означава, че такива тестове са по-надеждни при прогнозиране на фенотипа въз основа на откритите генни вариации. Останалите обаче са сложни полигенни черти, за които прогнозите, базирани на SNPs, са много по-малко надеждни. Още по-лошо, дори учен със съответния опит не може непременно да оцени вероятната надеждност на интерпретациите на компанията. Причината е следната, според Fortis et al:

В допълнение, от 64-те варианта с идентификатора dbSNP, само половината от тях са значително свързани на ниво генома с поне една черта от хранителен интерес. Това означава, че средно около 50% от генетичните варианти, използвани за прогнози, показват слаби доказателства за връзка с хранителни характеристики и шансът тези варианти да представляват фалшиви сигнали за асоцииране е много висок.

Интересен аспект е, че прогнозите относно черти, за които са известни десетки или стотици генетични асоциации (както в случая с телесното тегло), се правят на базата на няколко генетични варианта.

Отбелязвам, че примерният доклад на GenoPalate изброява гените, използвани в неговите прогнози, но не можах да намеря dbSNP числа. Те начинът, по който докладът изброява „генотипа“, е просто да изброи нуклеотидното заместване и процента от популацията, която има този конкретен генотип. Това не е достатъчно, за да се оцени научната надеждност на доклада.

Тези компании също използват опростени модели:

Нещо повече, нито една от компаниите не използва използването на мощни статистически инструменти като полигенни рискови резултати (PRS, известен също като оценка на рисковия профил, генетично точкуване и оценка на генетичния риск). PRS комбинира множество асоциирани варианти в уникален резултат чрез претегляне на тяхната честота в популацията с очакваното им въздействие върху даден признак [38]; те могат да бъдат конструирани за всеки сложен генетичен фенотип, за който са налични подходящи резултати от GWAS (или друга стабилна асоциация). PRS за чувствителност са обещаващи инструменти за идентифициране на лица с висок риск, които могат да отговарят на условията за защитни интервенции, и тяхното прилагане може да доведе до по-надеждна информация за потребителите [24,25].

Много по-лесно е просто да разгледате отделни SNP и гени, вместо да преминавате през времето и разходите за изграждане на PRS за всяка сложна черта, която се оценява и прогнозира.

Изводът е прост. DTC нутригеномното профилиране просто не е готово за първи път, не като услуга с рецепта и със сигурност не като услуга за DTC. Има изобилие от примери за това колко често резултатите са, казано направо, погрешни, като например, когато тест за DTC предсказва алергия към фъстъци при жена, която описва фъстъченото масло като „една от истинските любови на живота ми“. Тестът също така посочва, че тя е „по-малко лесно депресирана“. Познай какво? Тази жена е била диагностицирана с клинична депресия и е лекувана за нея. По принцип тези тестове обещават информация от вашата ДНК с детайлност, която не е възможна въз основа на настоящите ни познания за геномиката. Не напразно учените отхвърлят тези тестове като по същество не по-добри от показанията на хороскопа. Това е наблюдение, което се отнася за всички тестове за геномно профилиране на DTC, някои от които твърдят, че могат да предскажат черти като сексуална ориентация, „самота“ и „проблеми в социалната комуникация“, а не само за GenoPlate и многото подобни тестове за нутригеномно профилиране на DTC предлагани от конкуренти. Спестете парите си и ако имате нужда от препоръки за диета, потърсете регистриран диетолог.

Автор

Давид Горски

Пълната информация на д-р Горски можете да намерите тук, заедно с информация за пациентите.Дейвид Х. Горски, MD, PhD, FACS е хирургичен онколог в Института за рак на Барбара Ан Карманос, специализиран в хирургия на рак на гърдата, където също така служи като лекар за връзка с рака в Американския колеж по хирурзи кардио актив измама, както и доцент по хирургия и член на факултета на магистърската програма по биология на рака в Държавния университет Уейн. Ако сте потенциален пациент и сте намерили тази страница чрез търсене в Google, моля, разгледайте биографичната информация на д-р Горски, отказите от отговорност относно неговите писания и известието за пациентите тук.

Вчера беше добър ден. Беше добър ден, защото беше един от дните, които показват, че понякога науката и етиката все пак печелят:

ЧИКАГО (AP) – Правителствена агенция се отказа от планове за проучване на противоречиво лечение на аутизъм, което критиците нарекоха неетичен експеримент върху деца.

Националният институт по психично здраве заяви в изявление в сряда, че изследването на лечението – наречено хелация – е изоставено. Агенцията реши, че парите ще бъдат по-добре използвани за тестване на други потенциални терапии за аутизъм и свързани разстройства, се казва в изявлението.

Проучването беше спряно поради опасения за безопасността, след като друго проучване, публикувано миналата година, свързва лекарство, използвано при лечението, с трайни мозъчни проблеми при плъхове. Хелацията (kee-LAY’-shun) премахва тежките метали от тялото и се използва за лечение Оловно натравяне. Използването му като лечение на аутизъм се основава на периферната теория, че живакът във ваксините предизвиква аутизъм – теория, която никога не е доказана и отхвърлена от основната наука. Меркурий не е бил във ваксините за деца от 2001 г., с изключение на някои ваксини срещу грип.

Но много родители на деца с аутизъм вярват в лечението и NIMH се съгласи да го тества. Изследователите предложиха да се наемат 120 деца с аутизъм на възраст от 4 до 10 години и да се даде половината лекарство за хелиране, а другата половина – сляпо хапче. 12-седмичният тест ще измерва нивата на живак в кръвта преди и след и симптомите на аутизъм. Очертанията на проучването казват, че неуспехът да се намери разлика между двете групи ще противодейства на „анекдотични доклади и широко разпространеното убеждение“, че хелацията работи.

Освен че не би имало.

Антиваксинационистите никога не биха повярвали на това проучване, ако беше отрицателно, и тъй като нямаше правдоподобен биологичен механизъм за хелатотерапията да има терапевтичен ефект, шансовете, че всяко дете ще се възползва, бяха малки и никакви, докато шансовете детето да бъде наранено е не е без значение.

Comments are closed.